Después de una guerra mundial, los sobrevivientes fueron lanzados al espacio en unas superciudades, las Megazonas, para permanecer fuera del planeta durante 500 años a la espera de que la Tierra se recuperara de las secuelas de la guerra. En las Megazonas, una computadora evaluaba si los habitantes de cada una de ellas habían aprendido la lección de esta última guerra y podían ser devueltos a la Tierra en su momento, si no era así, la Megazona era destruida por la computadora. Los seres que habitaban esas ciudades espaciales vivían engañados para que no supieran que realmente eran parte de un programa para juzgar a la humanidad y sus posibilidades de volver a habitar la Tierra. En la Megazone 23, un joven llamado SHOGO descubrió todo lo que estaba pasando y junto con una chica llamada EVE, lograron que la Megazona regresara a la Tierra.
Su objetivo era construir una ciudad en la superficie donde habitarían los sobrevivientes de la Megazona, y crear un nuevo sistema informatico que abriría la ciudad cuando considerara que los humanos ya estaban listos para vivir en armonía con el ecosistema. La segunda parte empieza unos cuantos siglos más tarde, en Eden, la ciudad que al final de la primera película era un proyecto. Eden es un lugar donde todo está controlado por el Sistema, la inmensa red informática que debe juzgar cuando la humanidad está lista. Alrededor del Sistema se ha creado un obispado, cuyo titular es WON DAI y la E.X., la oficina de protección del Sistema contra los Hackers que intentan penetrar en ella para descubrir sus secretos.