En 1999, una nave espacial extraterrestre se estrelló en la Tierra,
en una isla del pacífico del sur llamada Ataria. Al revisar los restos
de esta nave, se descubre que tiene una tecnología mucho más
avanzada que la tecnología humana.
Pensando que la civilización dueña de la nave llegue a la Tierra y
haga una invasión, se comienza la reconstrucción de la misma
aprendiendo y asimilando su tecnología. Durante la reconstrucción
de esta nave, surge una iniciativa de las Naciones Unidas para
que todos los países de la Tierra esten bajo un solo mando,
haciendo un solo gobierno y una sola bandera.
Sin embargo, algunos países no estuvieron de acuerdo con la
propuesta de la llamada unificación. Es así como la guerra de
unificación dió comienzo, esta se extendió por todo el planeta y
causó gran destrucción. Con el tiempo, la guerra fue favoreciendo
a la unificación y todo llegaría a su fin. A pesar de esto, en el
año 2008, un nuevo enfrentamiento entre los dos bandos se inicia
nuevamente debido a un descubrimiento en una isla llamada
Mayan. Al parecer, esta isla tiene un secreto que ha estado
oculto por 10.000 años para la raza humana, un secreto que
parecería tener relación con el ASS-1 y tal vez tenga algo que ver
con el futuro de la humanidad. Ambos bandos, utilizarán la
tecnología asimilada de la nave alienígena para obtener este
secreto. Shin Kudo es un piloto de combate de las Naciones
Unidas, y se ve envuelto en este acontecimiento que pondrá a la
humanidad a pensar su próximo paso a la evolución tecnológica y
buscar sus orígenes. Quizá este secreto tenga la respuesta que
la humanidad ha estado buscando sobre sus orígenes.