8 años después de la última batalla entre Zentradis y terrestres,
ambas razas conviven armoniosamente en una sociedad en
común. La vida transcurre tranquilamente hasta que
los Marduk,
una raza alienígena que se dedican a viajar por la galaxia
destruyendo toda civilización que encuentran a su paso, tienen
la idea de invadir y conquistar
la Tierra, motivo
por el cual la
U.N. Spacy acude a su intercepción. Hibiki es asignado para
cubrir la batalla y
en su viaje encuentra a la misteriosa y
exótica extraterrestre Ishtar. Hibiki vuelve a la Tierra
acompañado de esta alienígena a la que quiere mostrar la
cultura humana, pero el guerrero Marduk Feff planea acudir al
rescate de
Ishtar hacia la Tierra. Hibiki y su acompañante
asisten a la Plaza de la Cultura donde se encuentran ubicados
los
más grandes monumentos de la Tierra e incluso el increíble
SDF-1 Macross. Ishtar se siente atraída hacia el colosal
monumento ya que piensa que podría ser el Allus, una legendaria
nave Marduk que traería paz a su raza y daría fin
a la guerra.
Momentos más tardes asisten al Festival Anual de la Base Lunar
de la Naciones Unidas para ver las demostraciones aéreas, con
el cual se pretende demostrar el poderío de la nación y
tranquilizar a los habitantes,
y también poder ver la actuación
de la cantante estrella del momento Wendy Ryder.
En este
momento son atacados por los alienígenas tomando como
prisioneras a Silvie Genna y Wendy por Lord Feff. Hibiki e Ishtar
se entregan a cambio de la liberación de las dos prisioneras y
son tomados prisioneros, Hibiki es torturado para que declare lo
que le ha hecho a su compatriota, e Ishtar es sometida a una
fase llamada de purificación en un lugar sagrado denominado
Alus Nova. En el instante en que Ishtar es trasladada hacia otra nave para realizar su purificación Silvie se
infiltra en la nave en un intento desesperado por rescatar a Hibiki. Paralelamente Feff, junto con la pareja terrícola, intentará salvar a Ishtar ya que su nave va a ser destruida por ordenes de Inguess, Señor Emperador de los Marduk, ya que este considera que esta nave esta culturalmente contaminada en el momento en que Ishtar canta una canción terrícola. Durante una nueva batalla Hibiki, quien
ya se encuentra libre de los Marduk, es tomado prisionero por dar a conocer públicamente la noticia de la
existencia de los Marduk y por convivir con uno de ellos.
Silvie Geena pide autorización al Exxegran e intenta desesperadamente utilizar la fortaleza Macross en contra
de los Marduk en un último intento por preservar la
vida de los habitantes de la Tierra y detener el avance alienígena. Al disparar el poderosísimo cañón no causan ningún daño en la base enemiga. En este momento
Ishtar comprende que el poder de la nave no se basa solo
en su armamento, y realizando un discurso logra
que se desate la rebelión en la filas Marduk. La canción de Alus resuena y con esto dan fin al periodo de
tiranía de Inguess. La paz entre ambas razas es firmada y se inicia una nueva vida para estas culturas.